Дурацкий вопрос конечно, почему во всех инструкциях по изготовлению печаток, будь то ЛУТ, или просто маркером нарисованная, сперва травят плату а потом сверлят?

С ЛУТ или фоторезистом сверление неизбежно повредит защитное покрытие. В стенки отверстий будет впитываться травильный раствор.

На более-менее серьёзных платах сначала сверлят, потом всё остальное

С более-менее серьёзных платами ЛУТ и маркер не будут упоминаться
С металлизацией технология совсем другая, иначе эту самую металлизацию не сделать, а односторонние платы и промышленным способом сначала травят, потом сверлят.

С этим можно поспорить . Так как при травлении возможна "подтравка" в отверстиях . Поэтому предпочитаю сверлить после травления , а чтобы меньше было заусенцев при сверловке , центр отверстия протравливаю .

Я дал ссылку на платы с металлизацией. Она выполняется до травления.

А так конечно, сначала травление, иначе пропитанный раствором текстолит быстро так съест ногу в отверстии.

после промывки и просушки он все равно остается в отверстиях?

Ну прям не факт, что 100% останется и съест. Просто риск есть всегда.
Да и сверлить по вытравленным меткам проще, чем по голому текстолиту. А руками, без станка, по другому и не получится.

И не только.
В промышленном изготовлении отверстия сверлятся до травления.
В домашнем лучше наоборот. Но кто как привык и чем травят.
Кислотой - разъест края, хлорным железом - нет.

Когда я вручную наносил рисунок на ПП - вначале сверлил, а потом уже соединял отверстия дорожками. Таким способом я за свою жизнь наделал порядка тысячи разных ПП и не одна не подвела. Почему вначале сверлил? А как же иначе соеденить "дорожками"? На что ориентироваться? Можно было бы накернить? Но кернения я избегал ибо кернение вспучивает медь. Тем более: я много делал двусторонних плат, и ориентировался именно по отверстиям, а иначе на второй стороне будет дикое несовпадение пятачков!

Если рисовать дорожки лаком с помощью /иголки/трубочки/рейсфедера вручную, то, действительно удобнее сначала сверлить, потом рисовать и травить... А лак, к тому же, попадает в отверстия, и немножко их "защищает", и ориентироваться при ручном рисовании легче.. а при нанесении дорожек, ну, допустим, ЛУТ - ом, или струйником- сначала рисуют, потом травят, потом сверлят.... а "дырочка" в пятаске, к тому же слегка центрирует сверло.... Правда, при сверлении длинных рядов отверстий я предпочитаю пользоваться примитивным "кондуктором" из старой макетки... Главное- чтобы шаг отверстий совпадал.... на 40- ногом дипе разница уже ощутима....

Аналогично = пользовался макеткой. Как кондуктором. (шаблон).