Подскажите, зачем нужны подтягивающие резисторы и почему их можно подключать только на входы?

Затем и нужны, чтобы подтягивать. К шине питания. Это когда в качестве входного используется пассивное устройство, не имеющее в своем составе источника питания, от которого бы формировалась логическая единица. Например кнопка. Вот когда она разомкнута вход подтягивают резистором до шины питания и на ножке устанавливается высокий логический уровень.
А что вы будете подтягивать на выходе? Если пин установлен в ноль, то на выходе ноль, если установлен в 1, то там питание.
Хотя в некоторых контроллерах есть режим когда можно использовать только нижний транзистор в выходном драйвере пина. Это удобно использовать чтобы преобразовать высокий уровень на другое питание. Контроллер питается, например, от 5В, а LCD дисплею надо логическую единицу не более 3,3В. В таком случае подтягиващий резистор на выходе ставят к питанию LCD. Но к собственному питанию контроллера выход подтягивать незачем.

Имеется ввиду кнопка, соединенная с 0V.
Если посадить кнопку на отвод от линии +5V, получается, тогда использовать резисторы нет необходимости.

Объяснять все случаи в жизни, для чего он нужен, долго наверное, а вот если полистать поиск, то почти на все вопросы, можно найти ответы .....
search.php?keywords=%D0%BF%D0%BE%D0%B4%D1%82%D1%8F%D0%B3%D0%B8%D0%B2%D0%B0%D1%8E%D1%89%D0%B8%D0%B9+%D1%80%D0%B5%D0%B7%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%BE%D1%80&terms=all&author=&tags=&sc=1&sf=all&sk=t&sd=d&sr=posts&st=0&ch=300&t=0&submit=%D0%9F%D0%BE%D0%B8%D1%81%D0%BA

Подтяжка необходима для того, чтобы вход не болтался в воздухе в Z состоянии и не срабатывал от всяких наводок.Неужели трудно было объяснить?

по смотрите тут
http://cxem.net/beginner/beginner102.php

А внутренние резюки какой командой включаются в ассеблере? Когда в DDR нули?

В АВР регистр DDR же указывает - вход (0) будет или выход (1). А если ножка МК запрограммирована на вход (0 в соответствующем бите нужного регистра DDR), то тогда регистр PORT включает (1) или выключает (0) внутренний подтягивающий резистор.

Внутренние резисторы в АВР слишком высокоомные (более 40кОм), и защиту от наводок могут не обеспечить. Хотя если батарейное питание... и зашунтировать конденсатором... А так часто ставят внешние 4...20 кОм.