Здравствуйте! Собственно вопрос в названии темы - подскажите как быть в реальном устройстве
выводы микросхем DS3231N - RESET , 32KHZ , прерывание - куда их подключать или можно оставить в подвешенном состоянии?
так же у МК АТмега 8 - что делать с неиспользованными ногами .
Устройство будет питаться аккумулятором............

Для начала надо "покурить" даташит. Если неиспользуемые ноги являются выходами, то их можно отставить незадействованными. Если это входы, то надо в точности выполнить рекомендации разработчиков по их применению. Вход д.б. соединён с корпусом или подтянут резистором к плюсу питания.

На счет DS3231N. Вы датшит откройте и посмотрите структурную схему.
На счет АТмега 8 - настройте на выход. Ну а вообще зависит от устройства, в каких условиях оно будет работать.

Касаемо микросхемы DS3231: свободные ноги (RST - вывод 4 и 32 кГц – вывод 1) можно оставить в «воздухе», а вот выводы 5-12 необходимо посадить на общую шину GND.

Что касаемо микроконтроллера: для снижения энергопотребления необходимо – отключить аналоговый компаратор (который по умолчанию всегда включен); отключить контроль питания (если он не нужен); не оставлять неиспользуемые входные пины без подтяжки. А лучше их перевести на выход с лог уровнем на выходе 0 и посадить на шину GND.

ябы не рекомендовал коротить выхода или уни выводы чтоб не спалить это

Мая твая не понимает.