Может пути до заголовочных файлов не прописались?

Видимо так и есть, но обновления делал по процедуре на Гитхабе, вопрос как сейчас прописать эти пути??

Ну это обычно в свойствах проекта делается. Желательно использовать переменные. Например, в Эклипсе оно вот так:

Большая работа сделана, респект автору топика.
Остался маленький вопрос, что такое "КРЫЖИК".
Распаковываю архивы, но в отличии от кубика, система это делает долго и не всегда правильно

Когда то, когда деревья и ЭВМ были большие, а я маленькая, у бухгалтеров было понятие "КРЫЖИТЬ". Это проверять всякие бумажные доки и на тех, которые проверены и ок - ставить галочку красным карандашом - "Крыжик"....
Когда я подросла, а ЭВМ уменьшились и превратились из больших страшных шкафов в "блок питания" под столом и "процессор" с экраном на столе - Крыжиками иногда стали называть чекбоксы, они же галочки, они же чеки, они же чеккеры.....

когда ЭВМ были большие, такие как ЕС1030/1045, я уже тоже был большим ,
заканчивал ЛВВИУС (87), но вероятно ввиду специфики (военные) понятия "крыжить" у нас не было
(кстати да, интернет мне в помощь, нашел таки что такое крыжить )
мы говорили, "пошли штудировать Маркса"
спасибо за науку, стал немного больше знать. (это не сарказм)
осталось найти тот самый чек-бокс, наверное руки кривые или скила не хватает, пока не нашел

если не трудно, ткните носом , где искать сей чек бокс

Добавлено after 1 hour 21 second:
Не нашел в STM32CubeIDE чек-бокса автоматической распаковки.
Но нам не страшны "извилистые пути", Пошел через STM32CubeMX.
Алроритм следующий.
Скачиваем требуемые архивы.
Копируем (это важно, в загрузках файлы должны остаться) в папку Repository
Меню->Help->Manage Embedded ...->From Local
Выбираем файл В ПАПКЕ ЗАГРУЗКИ и все распаковывается и работает

И сразу второй ворос, при распаковке архива запросил установить пакеты

Откуда их можно взять, хотя по сути и без этого архива все работает

Добавлено after 38 minutes 12 seconds:
С крайним вопросом тоже разобрался.
Стоит CubeMX 6.9.1, обновлять не хочу, все проекты на нем сделаны )
Поставил крайнюю версию и все установилось.

На всякий атас, вот крыжик о котором была речь:

Естественно, нужно ставить нужный, согласно типу МК и версии zip файла. Так же напоминаю: все субверсии от 0 должны быть подложены в папку репозитория.