1) Это сам контроллер такой дохлый или неправильно сделана обвязка? ST при таких эе условиях разве сгорит?
Сдохнуть может любой. Никакой разницы нет. Виновата конечно схема включения и тот кто её создавал. Иногда ещё - юзверь, шаловливыми ручонками лезущий куда не следует.
Как защититься, что добавить ко входам в дальнейшем?
Как научиться управлять Боингом-777? в двух словах сможете объяснить?
Так и здесь: Чтобы узнать "как защититься", нужно изучить курс по ЭМС (электромагнитной совместимости). Читайте про: стабилитроны, TVS-диоды, фильтры, правильную разводку, прокладку проводов, "земель", питаний и т.п.
2) У меня в старом контроллере находится прошивка и я не знаю защищена ли она от дампа.
Как безопасно перекинуть ее на новый контроллер?
Стереть в старом, прошить в новом, кэп.
И что такое "безопасно"?