Разобрался с Doxigen, самая большая беда с кодировками. Doxigen использует UTF-8, а мой WINAVR кодировку windows 1251. Поэтому, после запуска программы Doxigen, создалась бибиотека html с гракозябрами заместо комментариев. Пришлось в WINAVR поставить кодировку UTF-8 (Tools->Options->Defaults->Code Page:UTF-8) и перекодировать в эту кодировку исходный код программы, чтобы в WINAVR не было гракозябров. И после этого запускаем Doxigen.

В настройках Doxigen можно выбрать любую кодировку исходников, хоть в ручную правкой файла настроек, хоть в графической оболочке.
Я столкнулся с другой проблемой - если Doxigen генерирует файл CHM, то как ни старайся - оглавление получается с кракозябами.

Я ставил в DOXIGEN за место UTF-8 windows 1251, doxigen все равно деает гракозабры. Как сделать в DOXIGEN html со стандартной кодировкой для WINDOWS7? А то не охота все исходники в UTF-8 переделывать. Или лучше, чтоб у меня все исходные кода WINAVR были в UTF-8?

Видимо вы не там меняли. Для выбора кодировки файлов используется опция INPUT_ENCODING.

Совесть, вы мой спаситель, я действитеьно не там указывал кодировку, а именно в DOXYFILE_ENCODING. Век живи, век учись.