Можно ли при помощи Atmega записать виде с веб камеры на sd карту?

Конечно можно, МК все может, а вопрос только в быстродействии. Посчитайте какой поток информации будет идти и Вы узнаете ответ на Ваш вопрос.

Писал прогу для Атмеги16 для записи на SD карточки. Как в резиме RAW, так и через FAT16. Достаточно быстро работает. В теории - карточки могут до 30-50 МГц частоту держать. А вот с Веб-камеры поток достаточно тяжко через Атмегу гнать. Всё зависит от потока = разрешения камеры * частоту кадров. Бесспорно лучше на ПЛМ-ке всё сделать.