Собрал устройство прошивал понипргом - прошил без ошибок , но на дисплее только квадратики, помогите советом- может при подключении дисплея есть какие то нюансы? Мега может запуститься без подключенного датчика температуры, фоторезистора и без DS1307.

Квадратики могут быть следствием высокой контрастности. Мега запускается (если программа/прошивка в порядке) по любому. А вот при опросе датчиков и не корректной программной обработке их отсутствия может "повиснуть". Сам второй день ковыряюсь с такой проблемой. Нашел несколько косяков в программе.