Для изобретения велосипеда можно было обратиться к гуглю. Там находится чудесный проект MCUDude miniCore.
В нем есть возмозность залить загрузчик в любую подходящую мегу (48,8,88,168, 328) с нужой частотой (1M, 8M, 12M, 16M) и обвязкой (с резонатором, внутренний генератор).

При этом все необходимое добавляется в Arduino IDE автоматически. Нет нужды делать какие либо не нужные телодвижения.

Кроме всего есть вожножность залить bootloader в нужный чип используя как внеший программатор типа USBasp, так и Arduino со скетчем. При этом фьюзы ставятся автоматически.