Дык для пользователя (особенно для блондинки) это и будет выглядеть как "на лету". Всё, что нужно разрабатываемому устройству, это лишь по окончании операции дёрнуть ногой DSKCHG (со стороны FDD — реально, со стороны USB — виртуально, при этом оба этих сигнала должны быть взаимно инверсными), по нему операционка закроет сессию, при этом собственно "дискету" (виртуальную) извлекать не надо.
     Известно, что если извлечь реальную дискету в момент копирования с/на неё, то мелкомягкая операционка спросит: Abort, Retry, Ignore и после правильного ответа продолжит работу с прерванного места как ни в чём ни бывало. Так кто ж мешает нам то и дело "извлекать" дискету, но только не во время выполнения операций?! При этом в виндах такая "дискета" будет постоянно исчезать и появляться, но и пусть!
     А поскольку (если я правильно понял мысль топикстартера) это нужно лишь для обмена файлами под усмотрением пользователя, то на снятие готовности можно и нужно наложить ещё и разрешение от пользователя. Но для этого уже придётся ввести тумблер или кнопку. Ну и, конечно, не забыть отключить кеширование гибких дисков на обоих концах провода.
     Эмулятор дисковода для USB — вещь отнюдь не нереальная. Эмулятор дисковода для FDD ещё более реален. Реализация их на одном и том же контроллере с инвертированием сигнала DSKCHG по тумблеру или кнопке точно так же реальна. Да, обмен информацией будет симплексным, но для пользователя это будет выглядеть именно как "на лету", без необходимости какого-либо перетыкания флешек, карт памяти, дискет и пр., за исключением щёлкания тумблером туда-сюда.
     А если на одном конце провода достаточно дискеты с заклеенным окошком, то пусть разрабатываемое устройство той стороне активирует сигнал WPT (WriteProtect), и тогда никакой тумблер не нужен! С одной стороны пусть пишут и читают, а с другой в это же время только читают, и тогда это будет в буквальном смысле "на лету".

Так есть же кнопка на дискете как раз дёргалась, у флешки такой кнопки нет.
Но не знаю если ли у этих эмуляторов такая кнопка.

Пишущая сторона наверняка файлом займёт всё место на дискете. Принимающая сторона ПК после перемещения файла, удобнее для очистки дискеты под новые данные.
Чтоб сразу мышкой переместить и готово и не лезть там гдето по меню для очистки

Бывает же дикость эмулятор дискеты причём от тех же кто сделал фотик