Имеем некий сигнал. В иделе должен быть цифровой сигнал в виде имульсов с еденицой на уровне 12В. Но на практике имеем то что имеем.
Что с этим делать? Как "игнорировать" эту помеху?

Как всегда не хватает исходных данных и Вы предлагаете гадать.
Гадаю.
Пусть при передаче сигнала по проводам длиной 50 метров на приёмном...
Или чего то другое?
В каждом конкретном случае свои рецепты.
Или заниматься источником сигнала, или линией передачи, или ставить компараторы на приёмном конце.
Так, что или выкладывайте проблему полностью или кроме общих слов и молчания ничего не ждите.

Сигнал я беру в голодке. Колодка находится на шкафу размерами 4х2х0,7 метров. Длина проводов внутри не известна. Вот и всё. Решение с компаратором, приемлимо, но как?

Для начала здесь почитай. Там про компаратор хорошо говорится.
http://forum.qrz.ru/thread10846.html

В сигнале после всплеска явно заметен провал почти до нуля - значит, компаратор этот провал отлично почувствует и выдаст все равно искаженный сигнал.
Так как требования к сигналу на стороне приема (его назначение и т.п.) тоже неизвестны, гадать буду и я: сигнал подаем через резистор примерно в пару сотен Ом на стабилитрон на 5...12В с параллельно подключенным конденсатром (емкость подбирается по исключению провала, но без лишнего затягивания фронтов сигнала), и только после этого подаем сигнал на компаратор или на вход цифровой схемы.

А пусть они затянутся. Надёжнее будет. Дальше же компаратор или триггер Шмидта, а ему это до лампочки.

А я всегда говорил: наиболее ответственные сигналы уровнем "земли", т.е. "0" передаваться должны!

Один из законов цифровой техники и телемеханики.

Похоже на низковольтную цепь авто-зажигания.




Нужно значть минимальные длительности сигналов и ввести RC - фильтрацию.

Если сделать на МК то фильтрацию добавить цифровую.