объясните как защитить ножки микроконтроллера от перенапряжения, в частности ацп

Стабилитроном на 4.7-5.1 вольт.

так вход же выдерживает 2,56 В и подскажите как его подключать
а почему стабилитрон, а не трёхвыводной стабилизатор напряжения?

Это кто придумал? Вход АЦП у МК может использоваться как обычный порт ввода/вывода. Со стандартным уровнем 5 вольт. За редким исключением, когда вход АЦП только АЦП и ничего другого. А 2,56 вольта это просто уровень, который удобно пересчитывать с помощью 10-разрядного АЦП.

Можно и трехвыводной, можно двуханодный. Дело вкуса.