Собственно вопрос в заголовке темы.

Под управлением каких программ может работать STK-500.
Кроме AVR Studio, конечно.

Еше можно AVRDUDE ("дудкой") из командной строки или из под GUI оболочки AVRDUDE_PROG 3.0 которую можно найти на сайте автора, здесь http://yourdevice.net/projekt/avrdudeprog . Есть еще GUI оболочка "SinaProg 2.0 - AVRDUDE-GUI with AVR Fuse Calculator" где ее взять и как установить можно вот здесь посмотреть http://elena-march.narod.ru/programmiro ... index.html . Правда там описано для установки под программатор AVRISP-mkII, зато все ссылки на скачивание есть. Рекомендую попробовать оболочку AVRDUDE_PROG 3.0 отечественного разработчика, русский интерфейс, есть возможность выбора отображения фьюз, инверсные как в ПОНИПРОГ или прямые как в AVR Studio.