Может кому нибудь нужно будет.
Собственно, в никсах и так уже много софта для кодинга, отлаживания\симулирования, программирования контроллеров под разные архитектуры, но в Студии многим наверно будет привычно работать. Собственно, я и сам ещё не отвыкну от неё .
К теме. AVR Studio под wine в никсах так просто не устанавливается. В конце установки он возмущается относительно отсутствия неких неведомых библиотек и запускаться на отрез отказывается. (Proteus же ставится без проблем и работает много быстрее AVR Studio, но отсутствуют подписи элементов ) Дело в том, что она требует набор библиотек Милкософт Runtime VC++ 2008, которых "своих" в текущей версии (у меня 1.1.38 ) wine не реализовано.
Так вот. По поискам в поисковике вторая же строчка указывает на стратью http://easyelectronics.ru/avr-studio-v-linux.html . В ней используется скрипт winetricks который автоматом конфигурирует wine и докачивает стороние (от милкософта в основном) файлы. Но, как ни странно, эта инструкция у меня не пошла (у меня убунта 9.10 x64): модуль dcom98 не хотел работать. В общем, я не ставил его вообще. Предлагаю свою немного переделанную инструкцию (ибо в нете что-то мало инфы):
1) Сразу, у вас должны стоять пакеты wget, cabextract и, ессно, wine.
wine скачиваем с сайта http://www.winehq.org/site/download . Там следуем инструкции соответственно с вашим дистрибутивом. В моём случае надо добавить в список репозиториев ссылку ppa:ubuntu-wine/ppa и, соответственно, скачать пакет wine.
2) Скачиваем http://www.kegel.com/wine/winetricks
В консоле:

3) Запускаем winetricks

4) Выделяем в появившемся окне галочки:

Тут, собственно, нам в основном нужен vcrun2008 и шрифты.
Так же можно заранее выбрать галочки для конфигурации wine
sound=ВАШ_ЗВУКОВОЙ_ДРАЙВЕР (у меня ALSA)
winxp
5) Ждём когда скрипт всё перельёт и сконфигурирует, попутно подпинывая его соглашениями, "Далее", "OK" и "Готово".
6) Собственно, если всё нормально, запускаем AVR Studio (подтормаживает, да) и радуемся. Так же можно запустить PROTEUS, увидеть подписи деталей и порадоваться вдвойне.
Следом, если надо, ставим WinAvr.

Собственно вот.

Второй вариант "извращенный" но более надежный и практически без тормозов - VirtualBox.
Работает все выше перечисленное + MPLAB и Pickit2( вживую) .

Ось та же ...

А вы знаете, что...
... установка пиратской винды на виртуалке преследуется по закону?

А так, это конечно же вариант.

Думаю, что "дотянутые сторонние файлы от мелкософта" - тоже. Хотя и на меньшую сумму

Ан не-ет.
Они качаются с офф. сайта милкософта совершенно безвозмездно.
Вот если бы это была сама Visual Studio (не облегчённая версия), то да...

А мы никому не скажем

Кстати компилятор CCS под PIC работает под Wine - правда однобоко
IDE не запускается а компилятор пашет c piklab.

C VirtalBox - одна проблема - занимает много места .
И конечно - это извращение ставить на линух винду , но иногода единственный вариант.

А всё равно вопрос - надо смотреть где-то зарытые лицензионные условия.
Вполне может быть, что все они бесплатны-свободны для использоания в рамках windows, а любое другое использование платное или запрещено вообще.
Как, к примеру, бывает с библиотеками производителя. "вот есть наша библиотека графики, она бесплатна, но может ипользоваться только на наших микроконтроллерах".