#include "stm32f4xx.h"                  // Device header

void init_gpio(void);
void init_timer(void);
void led_blinking(void);


static volatile uint32_t TimeTick;
volatile int capture1;
volatile int capture2;

void SysTick_Handler() {
   if(TimeTick)
   {
      TimeTick--;
   }
}

void TIM3_IRQHandler(){
   if(TIM3->SR&2){
   }
}


int main(){
   SysTick_Config(SystemCoreClock/1000);
   init_gpio();
   init_timer();
   while(1){
      led_blinking();
   }
   
}

void init_gpio(){
   /*Configure pins 12, 13, 14, 15 on port D*/
   RCC->AHB1ENR |= RCC_AHB1ENR_GPIODEN;
   GPIOD->MODER = 0x55000000;
   
   /*Cofigure TIM3, Channel 1 (PA6)*/
   RCC->AHB1ENR |= RCC_AHB1ENR_GPIOAEN;
   GPIOA->MODER = GPIO_MODER_MODER6_0;
   GPIOA->AFR[0] = 0x02000000;
}

void init_timer(){
   RCC->APB1ENR |= RCC_APB1ENR_TIM3EN;
   TIM3->CCMR1 |= TIM_CCMR1_CC1S_0;                           // CH1 to PA6
  TIM3->CCMR1 |= (TIM_CCMR1_IC1F_0 | TIM_CCMR1_IC1F_1);            //
  TIM3->CCER &= ~TIM_CCER_CC1P;
  TIM3->CCER &= ~TIM_CCER_CC1NP;
  TIM3->CCMR1 &= ~TIM_CCMR1_IC1PSC;                           //
  TIM3->CCER |= TIM_CCER_CC1E;                              //
  TIM3->DIER |= TIM_DIER_CC1IE;                              //
  TIM3->CR1 |= TIM_CR1_CEN;                                 //
  NVIC_EnableIRQ(TIM3_IRQn);   
}


void DelaymS(uint32_t time){
   TimeTick = time;
    while(TimeTick);
}

void led_blinking(){
   GPIOD->BSRRH = GPIO_BSRR_BS_12 | GPIO_BSRR_BS_13 | GPIO_BSRR_BS_14 | GPIO_BSRR_BS_15; //LEDs On
   DelaymS(5000);//Delay using SysTick
   GPIOD->BSRRL = GPIO_BSRR_BS_12 | GPIO_BSRR_BS_13 | GPIO_BSRR_BS_14 | GPIO_BSRR_BS_15; //LEDs Off
   DelaymS(5000);
}

GPIOA->MODER = GPIO_MODER_MODER6_1;

capture1 = capture2 = 0;
   capture2 = TIM3->CCR1;
   t = capture2 - capture1;

asm ("ldr sp, =_estack");

   #include "stm32f4xx.h"
   #include "stm32f4xx_gpio.h"
   #include "stm32f4xx_rcc.h"
   #include "misc.h"
   #include "stm32f4xx_tim.h"

   void GPIO(void);
   void TIM_config(void);

   void NVIC_Config();

   void TIM3_IRQHandler(void);
   TIM_TimeBaseInitTypeDef TIM_TimeBaseStructure;



   void TIM_config(void)
   {
   RCC_APB1PeriphClockCmd(RCC_APB1Periph_TIM3,ENABLE);

   TIM_TimeBaseStructure.TIM_Prescaler=0x00FF;

   TIM_TimeBaseStructure.TIM_CounterMode=TIM_CounterMode_Up;
   TIM_TimeBaseStructure.TIM_ClockDivision=0;
   TIM_TimeBaseStructure.TIM_Period=0xFF00;
     TIM_ITConfig( TIM3,  TIM_IT_CC1,ENABLE);

   TIM_TimeBaseInit(TIM3,&TIM_TimeBaseStructure);

   TIM_Cmd(TIM3,ENABLE);
   }

   void GPIO(void)
   {
   GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStructure;

   RCC_AHB1PeriphClockCmd(RCC_AHB1Periph_GPIOD,ENABLE);


   GPIO_InitStructure.GPIO_Pin=GPIO_Pin_12 | GPIO_Pin_13 | GPIO_Pin_14 | GPIO_Pin_15;
      GPIO_InitStructure.GPIO_Mode=GPIO_Mode_OUT;
      GPIO_InitStructure.GPIO_OType=GPIO_OType_PP;
      GPIO_InitStructure.GPIO_Speed=GPIO_Speed_100MHz;
      GPIO_InitStructure.GPIO_PuPd=GPIO_PuPd_NOPULL;
      GPIO_Init(GPIOD,&GPIO_InitStructure);
   }




      int main()
   {
       NVIC_Config();
       GPIO();
         TIM_config();
         
           while(1)
      {

      }
   }



      void NVIC_Config()

      {
      NVIC_InitTypeDef NVIC_InitStructure;
      NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = TIM3_IRQn;
      NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 0;
      NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 1;
      NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE;
      NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);

      }
      void TIM3_IRQHandler(void)

      {
                   switch (TIM_GetCounter ( TIM3) )

                 {

                   case  10000:
                      GPIO_SetBits(GPIOD, GPIO_Pin_12);
                     break;
                   case 20000:

                      GPIO_SetBits(GPIOD, GPIO_Pin_14);
                      break;

                    case 30000:
                             GPIO_SetBits(GPIOD, GPIO_Pin_13);
                       break;

                    case 40000:
                                GPIO_SetBits(GPIOD, GPIO_Pin_15);
                     break;

                   case 50000:
                               GPIO_ResetBits(GPIOD,GPIO_Pin_12|GPIO_Pin_13| GPIO_Pin_14| GPIO_Pin_15);


                           break;



                }

      }

Linker script and memory map

                0x20020000                _eram = 0x20020000

.text           0x20000000      0x758
 *(.isr_vector)
 .isr_vector    0x20000000      0x188 ..\obj\startup_stm32f4xx.o
                0x20000000                g_pfnVectors
 *(.text*)
 .text.Default_Reset_Handler
                0x20000188       0x6c ..\obj\startup_stm32f4xx.o
                0x20000188                Default_Reset_Handler
                0x20000188                Reset_Handler
 .text.Default_Handler