Собственно аппаратный SPI у ардуинки или для внутрисхемного программирования "внешним программатором" или для работы с заранее определенными модулями. Помимо прочего на D13 (SCK) стандартно подвешен светодиод-индикатор.
Касательно разводки на самой платке - это у каждого производителя может отличаться.
Честно говоря смотреть осциллограммы особо и не приходилось - достаточно простейших тестов.
Обычно однонаправленная шинка с одной из сторон нагружена достаточно мощным двухтактным каскадом - источником сигнала.
Так что ежли охота чего посмотреть - ставим одну лапку в режим входа, а с другой на нее подаем сигнал функцией tone().
Тогда более корректно можно увидеть влияние...
Ну и... пользуемся для проб собственным тест-кодом, а не библиотеками.
На крайний случай базовым функционалом "родной" SPI library...
На практике пока особой надобности в аппаратном SPI не возникало. Посему особо внимание и не обращалось.
(основные подопытные arduino-nano и arduino pro mini)