Биты - флажки выбора режима в байтах конфигурации для АВРок.
При выпуске с завода устанавливаются по умолчанию, а уже под конкретные задачи и иногда и изменять надо - смотрим в даташит на МК...
Программируются они обычно отдельно от прошивки кода проекта.
У ардуиноIDE их прошивка делается одновременно с бутлоадером (но не при загрузке скотча!).
Особенность в том, что фузы будут прошиты согласно заданным опциям вкладки платформы даже если установить работу без бутлоадера.
А их содержимое автоматически соответствует тому МК (и особенностям выбранного для него режима), что указано в опциях платформы.
Такой вариант идет для "малолапых" или для случая, когда бутлоадер не требуется (экономия ПЗУ или спецзадачи проекта).
Плюс "аварийное восстановление" при свежекуленной или случайно "одуревшей" АВРке.
Однако для таких операций требуется отдельный программатор - тот же ардуиноISP к примеру (или любой из списка IDE в соответствующей вкладке).
Прошивка выполняется по ISP - к ПК подключается нанка, переделанная в программатор (согласно примера из IDE), а уже к ней по ISP тинька.
Ежли тинька (или иная АВРка) должна работать без бутлоадера или загрузка возможна только по ISP (когда берем свежекупленную АВР и самостоятельно все паяем, но программу делаем "в рамках ардуино") то прошивку производим по такому же подключению, но не кнопкой на главной панели (или то же самое "скетч - загрузка"), а из "скетч - загрузить через программатор".
СОМ порт при том должен быть установлен тот, на котором подключен программатор.
Воть как то так...

Существенное
замечание:
для демонстрационно - учебных проектов с АВРками НЕ РЕКОМЕНДУЕТСЯ использовать вывод RESET для каких - либо иных целей.
Иначе перепрошивка потребует специальных программаторов (фузедоктор для "больших" и "высоковольтный" для малых).
В случае с платформой microCore это A0 он же D5 он же reset. 