PCICR = 1 << PCIE1;
PCMSK1 = (1 << PCINT11) | (1 << PCINT10) | (1 << PCINT9) | (1 << PCINT8);
sei();

uint8_t portbuf, dig, flag, fullflag;
uint16_t result;

ISR (PCINT1_vect) {
  if (!flag) {
    dig = PINC & ((1 << PC3) | (1 << PC2) | (1 << PC1) | (1 << PC0)); // Читаем в буфер порт C и только с маской нужных нам ног. Т.е. это будет текущий разряд
    if(dig && !(dig & (dig-1))) { // чуть хитрости - это провирят что в dig установлен только один бит, т.е. у нас активен только 1 разряд
       portbuf = PIND; // читаем сегменты
       flag = 1; // поднимает флаг, что очередной разряд считан
    }
  }
}


void main() {
...
  if (flag && !fullflag) {
    switch (dig) {
      case 1 << PC0:
        result = 7seg_to_int(portbuf); // считали младшую цифру
        flag = 0; // очищаем флаг цифры
        break;
    }
      case 1 << PC1:
        result += 7seg_to_int(portbuf)*10; // считали 2ую цифру (десятки)
        flag = 0; // очищаем флаг цифры
        break;
    }
      case 1 << PC2:
        result += 7seg_to_int(portbuf)*100; // считали 3ую цифру
        flag = 0; // очищаем флаг цифры
        break;
    }
      case 1 << PC3:
        result += 7seg_to_int(portbuf)*1000; // считали 4ую цифру
        flag = 0; // очищаем флаг цифры
        fullflag = 1; // возвозим флаг что последняя цифра считана
        break;
    }
  }

  if (fullflag) {
    // у нас тут значит целиком число считано, можно его куда-нибудь передавать или что-то делать на его основе, потом fullflag сбрасываем после обработки, чтобы продолжить читать следующее значение
  }
}