Делаю устройство на arduino nano v 3.0, там туча периферийных модулей и драйверов на пару ампер + вообще устройство не к корпу. Так что есть внешний блок питания.
Однако, есть функция серийного терминала, т.е. нужно подключение к компу через COM-USB встроенный.
При этом в идеале, для всяких задач, нужна возможность запустить МК, небольшой LED дисплей (7- сегметный который) и часы реального врмени Ds1307 только от USB питания, без активации всей остальной перефири, т.е. втыкнул в комп, поправил параметры через терминал, отрубил, отнес, включил уже в нормальный блок питания и запустил.

Т.е. есть 3 режима работы по питанию
1) Только блок питания
2) Только USB
3) Блок питания и usb, но используется только блок питания (сама схема arduino отсекает).

Это все введение было. Ничего специального я не делал, просто завел питание с step-down преобразователя 12-5V а 5V пин.

Я не совсем понял поведение селектора питания. Там стоит диод шотки с Vf около 0.35В. Т.е. если, по каким то причинам разница между напряжением USB и внешним блоком питания будет больше 0.35В, то получим КЗ?

Дальше, когда все подключил, выяснилось, что у меня сбрасываются периодически часы реального времени. Потом еще перекоммутировав все получит спец-эфеекты (щелчки) на динамике, который к проигрывателю подключен. Читаю даташит про часы и вижу, что там сказано, что если по питанию есть прострел ниже -0.3В, то будет потеря данных. Смотрю осциллографом линию питания общую и там действительно минус пляшущий с частотой около 100Гц (что как бы намекает, но это неважно).

Ладно, это мой тупняк. Это линия общая не соединена с ардуино и питается только от внешнего блока. Что-то туда невело минус. Это я разберусь. Проблема более фундаментальна. Если я прокину общую линию питания на +5В ардуимно, то при включении только в USB все модули запросят питание, а этого мне не надо.

Какова обычная практика в таком случае? Добавлять мосфета лог. уровня, смотреть МК наличие питания от внешнего блока через АЦП и включать мосфеты для подачи питания на остальные устройства? А что будет тогда на линиях питания при закрытом транзисторе? Гулять и висеть? Надо ли их тогда притягивать к земле резисторами с большим номиналом, ну, скажем , 1М ?

По тексту сложно понять, что куда подключено. Лучше нарисуйте схему.

В целом, я бы в таком случае поставил на положительной шине два диода катодами к модулю с контроллером, чтобы он мог питаться от обоих источников, но замыкание между ними исключалось.